Disputasen begynner som regel kl. 10.15. Det er ingen formelle regler om hvor lenge den kan eller skal foregå. Det er imidlertid vanlig at første opponent holder på ca. 1 ½ time, og helst ikke mer enn 1 ¾ time. Videre er det vanlig at annen opponent holder på ca. én time. Etter første opponent er det vanligvis en pause på ca. 30 minutter. Eventuelle opponenter ex auditorio gis ordet umiddelbart etter pause.
Det er vanlig at første opponent begynner med å gi et kort sammendrag av avhandlingens innhold, generellefunn osv. Denne gjennomgåelsen har først og fremst til formål å gjøre det mulig for publikum å følge med i den etterfølgende diskusjon. Den bør gjøres rent refererende. Fordi det er diskusjonen mellom opponent og doktorandsom er hovedsaken, bør denne introduksjon gjøres kort, og den bør ikke ta mer enn 15-20 minutter. Det kan være hensiktsmessig å avslutte gjennomgåelsen med å spørre doktoranden om han har noen kommentarer. Dette kan gi doktoranden mulighet til å korrigere evt. misforståelser, rette opp feil som han/hun måtte være blitt klar over, supplere med senere utvikling osv.
Deretter følger opponentens kritiske granskning. Denne bør gjelde såvel avhandlingens opplegg i sin alminnelighet (disposisjon, omfang, innretning, utvalg av stoff) som metodespørsmål og behandlingen av enkeltspørsmål. Det er opponenten som bestemmer hvilke spørsmål som skal tas opp. Granskningen foregår i form av en dialog mellom opponent og doktorand. Av hensyn til både doktorand og publikum er det viktig at det ikke går for lang tid før doktoranden slipper til. Det er vanlig at første opponent avrunder sin opposisjon med en generell karakteristikk av arbeidet, men det forekommer også at opponenten har funnet det naturlig å gjøre dette tidligere.
For annen opponent gjelder det samme som for første opponent, bortsett fra innledningen om avhandlingens innhold. Det er hensiktsmessig at de to opponentene på forhånd avtaler rollefordelingen seg imellom. Det kan for eksempel gjøres slik at de tar for seg forskjellige deler av avhandlingen, at den ene (typisk første opponent) først og fremst konsentrerer seg om generelle spørsmål om opplegg og metode, mens den andre tar for seg mer konkrete spørsmål, eller på andre måter. Tidligere var det vanlig at annen opponent hadde et særlig ansvar for tekniske ting, slikt som språkbruk, notebruk, trykkfeil osv. Noen slik regel gjelder ikke lenger, men det er naturlig at én av opponentene kort berører også slike spørsmål.
Det er tradisjon at doktorand og opponent tiltaler hverandre i tredje person (”opponenten”, ”doktoranden”), men dette gjennomføres ikke alltid fullt ut i praksis.
Disputasen avsluttes med at dekanus spør doktoranden om han/hun har noe å tilføye. Deretter erklærer dekanus akten for avsluttet og meddeler at saken vil bli innberettet til Det akademiske kollegium.